Ha recibido los más importantes Premios Nacionales de Investigación Económica: obtuvo el Primer Lugar en el Premio Maestro Jesús Silva Herzog en Investigación Económica 1998, otorgado por la UNAM.
EL Premio de Investigación Ricardo J. Zevada en el año 2000
El Segundo Lugar en el Premio del Instituto Nacional de Administración Pública - Premio INAP- 2001.
Mención Honorífica en el prestigioso Premio de Economía Banamex 2001.
Tercer Lugar en el Premio Nacional Pro Plata otorgado por la UNAM en 2004.
Segundo Lugar en el Premio Nacional de Finanzas Públicas 2008, otorgado por la Cámara de Diputados del H. Congreso de la Unión.
Mención Honorífica en el Premio Maestro Jesús Silva Herzog en Investigación Económica 2008, otorgado por la UNAM.
Además de un Reconocimiento Especial del Consejo General Consultivo, firmado por el Director General del Instituto Politécnico Nacional, en1998: por esta distinción, el Dr Genaro Aguilar apareció en el Libro "Politécnicos Distinguidos 1998".
El Dr Aguilar también recibió la Distinción Suma Cum Laude por su tesis de Doctorado en la Universidad Estatal de Campinas de São Paulo, Brasil, en 1998.
Debido a todos estos reconocimientos, el Dr Aguilar fue designado integrante del Jurado Calificador de los Premios Nacionales de Investigación: “Dr. Ernest Feder” de la UNAM y “Gustavo Cabrera” de El Colegio de México, ambos en 2009
Premio Nacional Banobras en el año 2000
Así como evaluador del Programa Nacional de Posgrados de Calidad del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología de 2007 a 2018 (diversos años) y evaluador de Becas de Posgrado al extranjero del CONACYT de 2003 a 2018 (diversos años).
También es miembro del Sistema Nacional de Investigadores, desde el año 2000.
Miembro del Sistema Nacional de Investigadores, Nivel I, desde 1990.
Becaria por exclusividad de la Comisión de Operación y Fomento de Actividades Académicas del Instituto Politécnico Nacional, Nivel IV, desde 1999.
Becaria del sistema de becas al desempeño a la investigación IPN, nivel 8, desde 2000.
Premio a la investigación politécnica en ciencias sociales y administrativas en el IPN 1999, por haber dirigido y participado en el proyecto de investigación: "El convento Jerónimo de San Lorenzo, patrimonio cultural del Instituto Politécnico Nacional”, 2001.
Jurado del premio nacional de historia Francisco Javier Clavijero, del Instituto Nacional de Antropología e Historia, 2004, 2005, 2008.
Premio Nacional COATLICUE, instituido por colectivo de Mujeres en el Arte, México-España, 2008.
Consejera de la Crónica de la Ciudad de México (Cronista de la ciudad de México), Gobierno del Distrito Federal, desde 2005.
Reconocimiento por parte de la Secretaría de Educación Pública y del Instituto Politécnico Nacional por 30 años de servicio. 2011.
Reconocimiento por parte del Instituto Politécnico Nacional por 35 años de servicio. 2016.
Anfitriona del Dr. Nikolai Grube por su nombramiento de doctor “Honoris Causa” otorgado por primera vez por el Instituto Politécnico Nacional con motivo de sus 80 años de existencia. 2016.
Nominación para el premio nacional de ”Arte y Literatura” Fonca, por el Director del IPN Dr. Mario Rodríguez Casas. 2018.